Na dit alles, nadat Josia in de tempel orde op zaken had gesteld, gebeurde het dat koning Necho van Egypte optrok om slag te leveren bij Karkemis aan de Eufraat. Josia trok hem tegemoet. Koning Necho stuurde hem afgezanten met het volgende bericht:
‘Wat wilt u van mij, koning van Juda? Het is niet tegen u dat ik optrek, maar tegen het koningshuis waarmee ik in oorlog ben. God heeft mij gezegd dat ik moest voortmaken. U kunt u beter niet mengen in de zaken van God, die mij ter zijde staat, anders zal Hij u vernietigen.’ Josia trok zich echter niet terug, maar verkleedde zich om met Necho slag te leveren. Hij luisterde niet naar wat Necho op gezag van God had gezegd, maar ging in de vlakte van Megiddo tot de aanval over. Hij werd door boogschutters geraakt en riep toen zijn dienaren toe:
‘Haal me hier weg, ik ben zwaargewond.’ Zijn dienaren haalden hem van zijn strijdwagen, legden hem op zijn andere wagen en brachten hem naar Jeruzalem. Daar stierf hij, en hij werd bij zijn voorouders begraven. Heel Juda en Jeruzalem rouwde over Josia. Jeremia dichtte een klaaglied op hem, en tot op de dag van vandaag is het in Israël de gewoonte dat de zangers en zangeressen Josia in hun klaagliederen bezingen. Ze zijn opgetekend in het boek van de Klaagliederen. Verdere bijzonderheden over Josia en de bewijzen van zijn trouw aan de wet van de HEER zijn van begin tot eind opgetekend in het boek over de koningen van Israël en Juda.
Josia’s zoon Joachaz werd door het volk in Jeruzalem als opvolger van zijn vader tot koning uitgeroepen.