Toen Manasse zo in het nauw gedreven was, probeerde hij de HEER, zijn God, mild te stemmen door zich voor de God van zijn voorouders te verootmoedigen. Hij bad tot God, en God liet zich vermurwen en verhoorde zijn smeekbede. Hij liet hem terugkeren naar Jeruzalem en herstelde hem in zijn macht. Toen erkende Manasse dat de HEER God is.
Na zijn terugkeer bouwde hij een tweede muur om de Davidsburcht, westelijk van de Gichonbron in het dal, om de Ofel heen, tot aan de Vispoort. Hij liet de muur hoog optrekken. In alle vestingsteden van Juda stationeerde hij bevelhebbers. Hij verwijderde de vreemde goden en het gehouwen beeld uit de tempel van de HEER, sloopte alle altaren die hij op de tempelberg en in Jeruzalem had laten oprichten, en gooide alles buiten de stad weg. Nadat hij het altaar van de HEER in orde had gebracht, bracht hij er vredeoffers en een dankoffer. Ook droeg hij de Judeeërs op de HEER, de God van Israël, te dienen. Toch bleef het volk offers brengen op de offerplaatsen, maar uitsluitend aan de HEER, hun God.
Verdere bijzonderheden over Manasse, over zijn gebed tot zijn God en de woorden die de zieners in de naam van de HEER, de God van Israël, tot hem richtten, staan in de kronieken van de koningen van Israël. Zijn gebed en hoe de HEER zich door hem liet vermurwen, maar ook al zijn zonden en overtredingen, hoe hij voordat hij zich verootmoedigde op allerlei plekken offerplaatsen liet bouwen en Asjerapalen en godenbeelden oprichtte, zijn opgetekend in de geschriften van Chozai. Toen hij bij zijn voorouders te ruste ging, werd hij begraven in zijn paleis. Zijn zoon Amon volgde hem op.